Bereits 2000 hat Lufthansa CityLine als erste Airline weltweit ein strukturiertes und offiziell beurkundetes Umweltprogramm ins Leben gerufen. Als Auszeichnung für ihr erfolgreiches Umweltmanagement erhielt Lufthansa CityLine seitdem jährlich die Verlängerung der Validierung nach der europäischen Umwelt-Audit-Verordnung EMAS. Zugleich wurde das Unternehmen für das alle Unternehmensbereiche umfassende Umweltmanagementsystem nach der internationalen Umwelt-Norm ISO 14001 rezertifiziert. Die Urkunden gelten für beide Unternehmensstandorte München und Frankfurt.
Neben jährlichen internen und externen Überwachungsaudits muss spätestens alle drei Jahre das gesamte Management-System der betrieblichen Umweltvorsorge von externen Auditor:innen für die Revalidierung bzw. Rezertifizierung überprüft werden. Eine Umwelterklärung gibt dazu der Öffentlichkeit Auskunft über den Stand und die Ziele der Umweltpolitik des Unternehmens.